（1）在客觀方面，審查工作的主要內容之一就是判斷申請商標是否與他人在先注冊或者在先申請的商標（下稱在先商標）相沖突，即申請商標是否與在先商標構成了同一種或者類似商品上的相同或近似商標。這一工作在技術上主要依賴商標注冊與管理自動化系統來進行。該自動化系統將所有的在先商標納入數據庫，審查員通過運行審查程序來檢索該數據庫，將申請商標與符合條件的在先商標進行比較，作出判斷。但這種方式存在兩點缺陷：
第一，數據庫記錄的信息可能存在差錯。因為建立數據庫是通過人工勞動完成的，該數據庫記錄了數百萬條的商標信息，存在差錯在所難免。
第二，審查程序本身不可能檢索出所有的相同或近似商標。商標相同或近似的情況極其復雜，盡管審查程序的設計盡可能全面地考慮了商標相同或近似的類型，但顯然無法窮盡。例如，對于字形相近的文字商標，現有的審查程序很難檢索出來。

（2）在主觀方面，由于審查員在專業范圍、知識面及工作經驗等方面存在著個體差異，審查工作必然會受到主觀方面的因素影響。針對相同類型的個案，不同的審查員可能得出截然相反的判斷結果。

（3）商標局實質審查工作只根據商標注冊申請人提供的材料來進行，一般只能就申請商標是否違反禁用條款、是否與在先商標相沖突作出判斷。至于那些申請注冊商標損害除在先商標權而外的其他在先權利以及以不正當手段搶先申請注冊他人已經使用并有一定影響的商標等問題，難以通過實質審查工作來解決。